مهمترین مسائل و مشکلاتی که اتباع ایرانی مقیم با آن مواجه هستند:
از آنجایی که اکثریت ایرانیان مقیم پرتغال را دانشجویان و پژوهشگران تشکیل میدهند عمده مشکلات به مسائل آموزشی و تطبیق مدارک تحصیلی ایرانیان بر میگردد. به ایرانیانی که قصد اقامت طولانی مدت در پرتغال را دارند توصیه میگردد مدارک مورد نیاز از قبیل مدارک تحصیلی، حقوقی، شغلی و.... در ایران ترجمه و به تایید وزارت امور خارجه برسانند. همچنین جهت فرزندان محصل ترجمه مدارک تحصیلی و کارت واکسیناسیون را به همراه داشته باشند.